Başarılı ajan doğulmaz. Çünkü başarılı ajanlar yumurtadan çıkar! Madagascar'ın muhteşem ajanlarıyla tanışın: Skipper, Kowalski, Rico and Private.Bu seçkin penguenler, gizli bir örgütün kuvvetlerine katılırlar. İsmi Kuzey Rüzgarı olan bu organizasyona lideri yakışıklı ve kuvvetli ismi gizli bir Ajan (bize kalsa ismini söyleyeceğiz de...sonra yani..bilirsiniz) liderlik etmektedir. Bu iki takımın bir an önce güçlerini birleştirip dünyayı yok etmek için hain planlar peşinde olan korkunç Dr. Octavius Brine'ı durdurması gerekmektedir.