Colonia bygger på en sann historia och handlar om Lena (Emma Watson) och Daniel (Daniel Brühl). De är ett ungt par som blir inblandade i militärkuppen i Chile 1973. Daniel blir bortförd av Pinochets hemliga polis, och Lena spårar honom till Colonia Dignidad. Invånarna i Colonia Dignidad utger sig för att vara missionärer som leds av Paul Schäfer (Michael Nyqvist), men i själva verket är det en plats som ingen någonsin har flytt ifrån. Lena bestämmer sig för att gå med i den mystiska sekten för att hitta Daniel.