Kontrakt: Fas II följer berättelsen om Samantha när hon lider av en mystisk och degenerativ sjukdom. Filmen centrerar på Riley, en av de sista personerna som kommer i kontakt med Samantha, när han snurrar upp för att spåra de som är ansvariga för utbrottet innan den mycket smittsamma sjukdomen inte bara konsumerar sin kropp, utan världen som vi känner den.