Ett syskonpar, Lucio och Fauna, driver runt i en förlorad stad i sökandet efter mat och husrum. De tar sig in i en av få kvarvarande byggnader där de möter en äldre man som ger dem ett farligt erbjudande. Mörka, destruktiva instinkter leder till att en obehaglig sexuell relation växer fram. We are the flesh utspelar sig i ett postapokalyptiskt Mexiko där grymhet och lust är obehagligt sammankopplade.