Legender drabbar samman i Godzilla vs. Kong när dessa två motståndare möts i en spektakulär strid, med världens öde som insats. Kong och hans beskyddare ger sig ut på en farlig färd för att finna hans riktiga hem, med på resan är Jia, en ung fosterbarnsflicka, Kong har format ett unikt och starkt band med. Men de hamnar oväntat i vägen för en rasande Godzilla, som orsakar förstörelse över hela världen. Den episka kollisionen mellan de två ikonerna – initierad av hemliga krafter – är bara början av ett mysterium som ligger djupt inom jordens kärna.