Quando uma nova ameaça começa a roubar tecnologia experimental da cidade de Gotham, Batman coloca-se em estado de alerta. Mas uma equipe de guerreiros, que espreita por debaixo das ruas, também investiga o caso: as Tartarugas Ninja! Liderados por Leonardo, os irmãos – o esperto Donatello, o destemido Raphael e o brincalhão Michelangelo – são artistas marciais misteriosos que acabarão por se cruzarem com o Cavaleiro Negro.