Šest meseci nakon događaja prikazanih u Matriksu, Neo se pokazao kao dobar znak za slobodne ljude, jer se sve više ljudi oslobađa iz matrice i dovodi u Sion, jedno i jedino uporište Otpora. Sam Neo je otkrio svoje supermoći, uključujući super brzinu, sposobnost da vidi kodove stvari unutar matrice i izvestan stepen pred-kognicije. Ali gadna vest pogađa ljudski otpor: 250.000 mašinskih stražara kopa do Siona i stići će do njih za 72 sata. Dok se Sion priprema za konačni rat, Proročište savetuje Nea, Morfeusa i Trinitija da pronađu Tvorca ključeva koji bi im pomogao da dođu do Izvora. U međuvremenu, Neovi stalni snovi koji prikazuju Trinitijevu smrt su ga zabrinuli i kao da to nije bilo dovoljno, agent Smit je nekako izbegao brisanje, postao je moćniji nego ranije i odredio Nea kao svoju sledeću metu.