Serial opowiada o przygodach trójki zwierzaków – kota Jonatana Koota, ptaka Eryka Kowalika i żółwia Bikiego Chelonidesa, którzy powołują do życia Eskadrę Jonatana i stają do walki z trucicielami środowiska. Podział na odcinki jest zgodny z rozdziałami książki.